Анализ бактерий, населяющих четыре станции метро — Римскую, Достоевскую, Сретенский бульвар и Выставочную — показал, что разнообразие микроорганизмов коррелирует с величиной пассажиропотока, а костяк московской «метробиоты» составляют те же роды, что и в подземке Нью-Йорка.
Общественный транспорт — одно из ключевых мест контакта жителей мегаполисов. Кроме людей, в метро, автобусах и трамваях ездит довольно много микроорганизмов, и понимать, как устроено их сообщество, важно, — например для здравоохранения. В 2015 году с этой целью был запущен проект MetaSUB (Metagenomics and Metadesign of the Subways and Urban), в рамках которого планируется создать карты микробиомов подземок разных городов.
Наталья Клименко (Natalia Klimenko) из компании Knomics и ее коллеги из университета ИТМО, Новосибирского и Балтийского университетов, Института биологии гена и Курчатовского института, компании «Атлас» и ряда других организаций России и США исследовали, как устроена микробиота московского метро. Для пилотного эксперимента были выбраны четыре станции: Римская, Достоевская, Выставочная и Сретенский Бульвар. На каждой из станций команда собрала образцы с пяти типов поверхностей — с поручней около эскалаторов, навигационных стендов, пола, скамеек и стен на уровне плеч. Рибосомальную ДНК попавших в пробы бактерий отсеквенировали и, сравнив ее с базами данных, узнали, кому именно она принадлежала.
Самыми частотными оказались бактерии из родов Dietzia, Brevundimonas, Pseudomonas, Arsenicicoccus, Stenotrophomonas, — их ДНК обнаружилась в большинстве образцов. Это обычные для почвы бактерии, а Dietzia может жить вдобавок на коже человека. Сравнение с предыдущим аналогичным исследованием, сделанным в Нью-Йоркском метро показало, что как минимум три из указанных родов бактерий «популярны» и там. В целом, на станциях водились в основном почвенные бактерии, бактерии, типичные для кожи человека, а также патогены и симбионты растений, предположительно принесенные в метро с почвой.
Общественный транспорт считается одним из ключевых мест для передачи микробов от человека к человеку, и поэтому особое внимание было уделено поиску болезнетворных бактерий. Однако никого из списка десяти детектируемых бактериальных патогенов (в него входили, например, хеликобактер, сальмонелла, гемофильная палочка, легионеллы) авторам обнаружить не удалось, хотя ограничения метода и небольшое количество образцов не позволяют полностью исключить присутствие этих и других патогенов.
Самой богатой в плане разнообразия микробиоты станцией оказалась станция Римская. Авторы работы предполагают, что это может быть связано с большим пассажиропотоком на этой станции: по данным метрополитена, он в несколько раз больше чем на других проверенных станциях: 36,5 тысячи человек в день против 18,2 — 6,5 тысячи.
Сравнение «населения» разных поверхностей показало, что больше всего разнообразие бактерий на полу станций. Там оказалось много уникальных для этого исследования бактерий.
Список найденных авторами организмов приблизительный, — метод позволяет только примерно определить таксономическую принадлежность обитателей подземки, причем грибы и другие эукариотические микроорганизмы вовсе не учитывались. Несмотря на эти ограничения, это пилотное исследование позволило опробовать методику и составить первое представление о микробиоте московской подземки.
Работа опубликована в журнале Computational and Structural Biotechnology Journal.
Недавно мы рассказывали о микробиоме МКС, — несмотря на уникальные условия, он оказался похож на тот, что встречается в большинстве земных зданий, регулярно посещаемых людьми, — фитнес-центрах, офисах, больницах. МКС населяют примерно те же бактерии и грибы, что встречаются на коже животных и человека в обычных условиях.
Автор: Вера Мухина