Человеческий организм производит множество пептидов, которые помогают иммунной системе противостоять атакам патогенов. И, как оказалось, среди них есть кандидаты на роль мощных противомикробных препаратов.
В ходе новой работы исследователи из Массачусетского технологического института совместно с итальянскими коллегами искали соединения, которые могут послужить основой для антибиотиков нового поколения, которые победят супербактерии. Напомним, что многие существующие препараты теряют силу: микроорганизмы уже выработали устойчивость к большинству из них.
Предыдущие работы показывают, что в поиске нового оружия стоит обращаться к природе. Эффективные соединения, например, были обнаружены в молоке утконоса, в железах гремучих змей и у муравьёв.
Но не только организмы животных и растений отражают атаки огромного количества болезнетворных бактерий. Человеческий организм также переживает постоянные набеги патогенов, и нет ничего удивительного в том, что этот «дом» выработал свою систему защиты от угроз.
Специалисты сосредоточились на желудочно-кишечном тракте, поскольку его бактериальный состав – самый разнообразный и многочисленный. Команда искала соединения, которые вовлечены в защитные механизмы. Чаще всего эту роль берут на себя пищеварительные ферменты и пептиды. Хотя многие из них недостаточно сильны, чтобы использоваться в качестве антибиотиков, они могут дать исследователям подсказку и указать, какие «настройки» нужны для новых лекарств.
«Эти пептиды действительно являются отличным шаблоном для инженерии. Идея состоит в том, чтобы использовать синтетическую биологию и модифицировать их дальше, сделать более мощными», — поясняет один из ведущих авторов новой работы Сесар де ла Фуэнте-Нуньес (Cesar de la Fuente-Nunez).
Вместе с коллегами он обнаружил почти две тысячи перспективных соединений. Затем их проверили при помощи специального алгоритма, который выявляет сходство с уже известными противомикробными пептидами.
«Это метод интеллектуального анализа данных, позволяющий легко находить пептиды, которые ранее не были изучены. У нас есть модели, которые, как мы знаем, связаны с классическими антимикробными пептидами, и поисковая система через базу данных находит образцы, похожие на те, которые, убивают бактерии», — рассказывает исследователь.
Программа помогла отобрать 800 подходящих пептидов, и специалисты уже делают ставку на один из них. Это соединение под названием пепсиноген. Он производится в желудке и участвует в переваривании пищи.
Некоторые фрагменты этого пептида, которые являются побочным продуктом процесса пищеварения, алгоритм пометил как «потенциально антимикробные». Их функция ранее не была изучена, поэтому у экспертов появилось новое направление для работы.
Чтобы проверить, насколько действенными могут быть эти указанные фрагменты пепсиногена, исследователи провели лабораторные тесты в чашке Петри. Они использовали несколько «разнопрофильных» патогенов – сальмонеллу, кишечную и синегнойную палочки.
Оказалось, что пептид эффективно уничтожает эти бактерии не только в кислой среде (как в желудке), но и при нейтральном уровне кислотности.
Тесты на мышах также показали, что фрагменты пепсиногена способны уничтожать кожные инфекции, вызванные синегнойной палочкой.
На следующем этапе работы учёным предстоит выяснить механизм действия пептида и найти способ сделать его ещё более мощным. Кроме того, они продолжат проверять и другие соединения, выбранные алгоритмом.
Научная статья по итогам текущей работы была опубликована в издании ACS Synthetic Biology.
Кстати, ранее мы сообщали, что в борьбу с супербактериями вступит «вооружённый» кислород. Ещё один хитрый ход, предложенный учёными: натравить устойчивые к лекарствам патогены друг на друга.
Автор: Юлия Воробьёва