О древней ДНК мы чаще всего слышим в связи с древними людьми, неандертальцами и денисовцами. Чуть реже, может быть, речь идёт о мамонтах, пещерных медведях и других животных; с животными порой упоминаются растения. Но ведь в доисторические эпохи жили не только крупные звери.
Сотрудники Центра палеогенетики в Стокгольме вместе с коллегами из Лундского университета, Академии наук Республики Саха, Зоологического института РАН и других научных центров России, Швеции, Дании и др. описывают в статье в Cell бактериальную ДНК из костей, зубов и кожи мамонтов. Для анализа использовали остатки 483 мамонтов, возрастом примерно от одного миллиона до нескольких тысяч лет (самые «молодые» образцы были найдены на острове Врангеля – одном из мест, где мамонты продержались дольше обычного). Бактерии – отдельный домен жизни, так что их ДНК относительно легко отличить от ДНК животных, растений и прочих эукариот. Но, кроме бактерий-современников мамонтов, на остатках неизбежно должны были появиться другие, жившие сильно после того, как мамонты вымерли. Здесь уже понадобились методы, учитывающие эволюцию бактерий. Хотя бактерии весьма изменчивы, всё же у них есть определённые черты, которые позволяют выделять в них типы, классы и т. д., и оценивать изменчивость, которая со временем накапливалась в разных систематических группах. И по ДНК бактерий можно различить, кто из них жил раньше, а кто позже.
Среди более чем трёх сотен бактериальных видов исследователям удалось выделить шесть групп, которые обитали на живых мамонтах. Один из штаммов оказался близок к современным Actinobacillus, обнаруживаемым в свиных фекалиях. Ещё были микробы из рода Pasteurella, которые напоминали патогенных бактерий, опасных для современных африканских слонов. Большая часть ДНК мамонтовых бактерий была найдена в зубах, то есть с большой вероятностью можно предположить, что они были частью ротовой микрофлоры. Но были и другие, например, микробы семейства Erysipelothrix, чью ДНК извлекли из костей. Это были кости четырёх шерстистых мамонтов и одного степного мамонта, причём последний бродил по земле около 1,1 млн лет назад. ДНК этих бактерий стала самой старой ДНК микроорганизмов, изученной на сегодняшний день.
Хотя насчёт некоторых из мамонтовых микробов есть подозрения, что они были опасны для хозяев, пока невозможно в точности сказать, как складывались их взаимоотношения с мамонтами. Вообще же, если говорить о древней микробной ДНК, то до сих пор наибольшим вниманием пользовались бактерии, связанные с человеческими останками. Исследований о древних микроорганизмах, свойственных животным, пока что весьма немного, но число их растёт.
Автор: Кирилл Стасевич