Всё сочувствие, на которое мы решились
 

Белки олигодендроцитов помогут понять шизофрению

Объединение методов идентификации белков позволило определить 10.390 белков олигодендроцитов, которые могут стать факторами развития шизофрении.

Белки олигодендроцитов помогут понять шизофрению
Олигодендроцит

Масс-спектрометрия – это основной метод, благодаря которому можно «обозначить» белки. Однако, и он не лишен недостатков. Одна из ключевых проблем протеомики (науки о белках), заключается в проблеме различия белков, имеющих одинаковую массу, но различные структуры. И эту проблему решили в Университете Campinas (UNICAMP) в Бразилии, опубликовав результаты работы в Proteomics.

Чтобы проще вникнуть в проблему, вставшую перед учёными, скажем пару слов об основах масс-спектрометрии: масс-спектрометр – основной аппарат, используемый в исследованиях такого типа, и он работает как весы, сортируя молекулы по их массе (точнее — сортируя ионизированные частицы по соотношению заряд-масса). Белки, выделенные из образцов (клеток), наносятся на специальную матрицу. После помещения в аппарат с помощью лазера они ионизируются и разделяются на маленькие фрагменты – пептиды. Затем они переводятся в газообразное состояние и в вакууме разгоняются, после чего попадают на детектор. Быстрее всего долетают те, у которых масса меньше. Определение масс множества пептидов и обработка полученной информации позволяют примерно установить структуру белка-источника.

И хотя вероятность того, что попадутся различные пептиды с одинаковой массой, крайне мала, такое всё-таки случается. В этой ситуации аппарат может «запутаться» и неверно определить белок-источник или вовсе не определить его. На решение этой проблемы и направили свои усилия исследователи из Бразилии.

Они решили использовать «предварительную сортировку» молекул перед подачей в аппарат. Для этого учёные использовали 2D-жидкостную хроматографию для разведения гидрофильных последовательностей от гидрофобных. Таким образом, сначала гидрофильные белки поступают в спектрометр, а самые гидрофобные остаются до последнего, уменьшая вероятность того, что две различные молекулы с эквивалентными массами будут интерпретироваться только одним прибором.

К концу эксперимента из 223.000 идентифицированных белков 10.390, принадлежащих олигодендроцитам, вошли в статью. Ученые, помимо всего, определили и их принадлежность к тем или иным процессам, в которых они принимают участие.

«Это похоже на решение головоломки с миллионами паззлов. Когда вы впервые открываете коробку, все они смешаны и перекрываются. Вы должны начать с их сортировки. Когда мы работаем с протеомикой, мы постоянно стремимся разрабатывать более совершенные методы сортировки», — объясняет Даниэль Мартинс-де-Суза (Daniel Martins-de-Souza), главы лаборатории нейропротеомики в Университете Campinas (UNICAMP) в Бразилии.

Объединение методов позволило значительно повысить количество и качество идентификации белков, что стало крупным шагом в масс-спектрометрии. Именно в олигодендроцитарной патологии сейчас видят ключ к шизофрении, поэтому олигодендроцитарный протеом очень важен для изучения.

Текст: Дарья Тюльганова

Ссылка на источник

Просмотров
Всего:
395 | За месяц: 0 | За неделю: 0 | За сутки: 0